上海市位居太平洋西岸，我国最大河流长江出海口，从濒海背陆的地理位置来看，既有来自海洋的灾害，又有来自陆域的灾害。据专家介绍，海面上升和地基沉降叠加引起卤咸潮倒灌、海水内侵是上海存在的四种灾害隐患之一。而咸潮倒灌危害，不仅现在时常有之，古代也横行不断。

据上海地方志记载，上海地区的淡水资源，依赖长江口进潮水量，但在枯水时期易遭到咸潮入侵，影响工农业用水和居民生活饮用水。造成咸潮灾害的原因，主要是由于长江流域严重干旱，长江冬季径流大量减少，并延续到春季，特别是连续多年干旱，致使河口地区发生历时较长的严重咸潮灾害。据《崇明县志》(1772年)记载：“每年清明后，江水上发，卤潮下退，得资灌溉，民赖耕畦，是以崇沙之南区者，颇产五谷，以江流余脉，其水淡也。如新灶，永宁……诸沙，遥隔江面，是以崇沙之在北区者，半属不毛，以海潮淹灌，其水卤也”。可见当时在农历四月初(清明)，长江水质好转，以供农业灌溉应用。

据明万历二十四年(1596年)迄1990年资料，约400年间，严重咸潮入侵为平均约67年出现1次，其出现率较低。发生“卤潮”进入内河等地的年份有万历二十四年，清顺治十年(1653年)，清雍正二年(1724年)，清乾隆五十一年(1786年)，清同治元年(1862年)、民国23年和1979年等7年。

历史上咸潮影响以雍正二年(1724年)最为严重，据《松江志》载：“四月上旬，卤潮入内河，禾尽槁”。这是由于前两年连续干旱所致。长江中游的《无为县志》载：“康熙六十一年六月旱”，“雍正元年八月大旱”，致次年(1724年)长江径流急剧减少，使咸潮乘机不断上溯，深入到松江等地的内河。

建国后，1978～1979年曾发生咸潮严重入侵长江口和黄浦江的情况，那次灾害造成上海市区部分工业停产或引起产品质量下降，其直接经济损失达1400余万元。崇明岛亦被咸水包围达90～100天，农业减产。1978年长江中下游地区，由于长期处于高温少雨状态下，有16个省市53%农田受不同程度的旱灾，到1979年春大通站实测最小流量为4620秒立方米(1月30日)，出现了历史最小纪录，以致长江口淡水不足，难以抵御咸潮的严重入侵。

1990年以前，上海居民用水都来自黄浦江，因此不受长江咸潮的影响。1992年开始上海启用长江水作为北部居民用水水源，之后每年的12月上旬，咸潮都会倒灌入临近上海的长江口。目前，咸潮入侵有趋于频繁的趋势。据上海市原水股份公司介绍，仅2004冬季到2005春季，上海就遭遇过9次咸潮的侵袭，其中2004年4月份的一次咸潮总共持续了5天零5个小时，是近两年较严重的一次。